X hits on this document

81 views

0 shares

0 downloads

0 comments

18 / 22

1062 Chemical Reviews, 1998, Vol. 98, No. 3

Raines

(101) Prehoda, K. E. Ph.D. Thesis, University of WisconsinsMadison, 1997. (102) Cuchillo, C. M.; Vilanova, M.; Nogue´s, M. V. In Ribonucleases: Structures and Functions; D’Alessio, G., Riordan, J. F., Eds.; Academic Press: New York, 1997; pp 271-304. (103) Klink, T. A.; Woycechowsky, K. J.; Taylor, K. M.; Raines, R. T. Submitted for publication. (104) Shimotakahara, S.; Rı´os, C. B.; Laity, J. H.; Zimmerman, D. E.; Scheraga, H. A.; Montelione, G. T. Biochemistry 1997, 36, 6915- 6929. (105) Raines, R. T. Nature Struct. Biol. 1997, 4, 424-427. (106) Rothwarf, D. M.; Scheraga, H. A. J. Am. Chem. Soc. 1991, 113, 6293-6294. (107) Lambert, N.; Freedman, R. B. Biochem. J. 1983, 213, 225-234. (108) Chivers, P. T.; Laboissi`ere, M. C. A.; Raines, R. T. In Prolyl Hydroxylase, Protein Disulfide Isomerase, and Other Structurally Related Proteins; Guzman, N. A., Ed.; Marcel Dekker: New York, 1998; pp 487-505. (109) Flory, P. J. Statistical Mechanics of Chain Molecules; Wiley: New York, 1969. (110) Milburn, P. J.; Scheraga, H. A. J. Protein Chem. 1988, 7, 377- 398. (111) Altmann, K.-H.; Scheraga, H. A. J. Am. Chem. Soc. 1990, 112, 4926-4931. (112) Ne´methy, G.; Scheraga, H. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1979, 76, 6050-6054. (113) Montelione, G. T.; Scheraga, H. A. Acc. Chem. Res. 1989, 22, 70-76. (114) Xu, X.; Rothwarf, D. M.; Scheraga, H. A. Biochemistry 1996, 35, 6406-6417. (115) Li, Y.-J.; Rothwarf, D. M.; Scheraga, H. A. Nature Struct. Biol. 1995, 2, 489-494. (116) Tsong, T. Y.; Baldwin, R. L. J. Mol. Biol. 1972, 69, 145-148. (117) Brandts, J. F.; Halvorson, H. R.; Brennan, M. Biochemistry 1975, 14, 4953-4963. (118) Garel, J.-R.; Baldwin, R. L. J. Mol. Biol. 1975, 94, 611-620. (119) Kim, P. S.; Baldwin, R. L. Annu. Rev. Biochem. 1982, 51, 459- 489. (120) Kim, P. S.; Baldwin, R. L. Annu. Rev. Biochem. 1990, 59, 631- 660. (121) Craik, C. S.; Sprang, S.; Fletterick, R.; Rutter, W. J. Nature 1982, 299, 180-182. (122) Grafl, R.; Lang, K.; Wrba, A.; Schmid, F. X. J. Mol. Biol. 1986, 191, 281-293. (123) Dodge, R. W.; Laity, J. H.; Rothwarf, D. M.; Shimotakahara, S.; Scheraga, H. A. J. Protein Chem. 1994, 13, 409-421. (124) Dodge, R. W.; Scheraga, H. A. Biochemistry 1996, 35, 1548- 1559. (125) Eberhardt, E. S.; Wittmayer, P. K.; Templer, B. M.; Raines, R. T. Protein Sci. 1996, 5, 1697-1703. (126) Juminaga, D.; Wedemeyer, W. J.; Gardun˜ o-Ju´ arez, R.; Mc- Donald, M. A.; Scheraga, H. A. Biochemistry 1997, 36, 10131- 10145. (127) Fink, A. L.; Anderson, W. D.; Antonino, L. FEBS Lett. 1988, 229, 123-126. (128) Houry, W. A.; Rothwarf, D. M.; Scheraga, H. A. Biochemistry 1994, 33, 2516-2530. (129) Schultz, D. A.; Schmid, F. X.; Baldwin, R. L. Protein Sci. 1992, 1, 917-924. (130) Schultz, L. W.; Klink, T. A.; Hargraves, S. R.; Raines, R. T. Protein Sci. 1998, 7, in press. (131) Protein-DNA Interactions; Sauer, R., Ed. Methods Enzymol. 1991, 208. (132) Steitz, T. A. Structural Studies of Protein-Nucleic Acid Interac- tion: the Sources of Sequence-Specific Binding; Cambridge University Press: Cambridge, UK, 1993. (133) Travers, A. DNA-Protein Interactions; Chapman & Hall: New York, 1993. (134) Spolar, R. S.; Record, M. T., Jr. Science 1994, 263, 777-784. (135) RNA-Protein Interactions; Nagai, K., Mattaj, L. W., Eds.; IRL Press: New York, 1994. (136) Ui, N. Biochim. Biophys. Acta 1971, 229, 567-581. (137) Felsenfeld, G.; Sandeen, H.; von Hippel, P. H. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1963, 50, 644-651. (138) Record, M. T., Jr.; Ha, J.-H.; Fisher, M. A. Methods Enzymol. 1991, 208, 291-343. (139) Jensen, D. E.; von Hippel, P. H. J. Biol. Chem. 1976, 251, 7198- 7214. (140) Record, M. T., Jr.; Lohman, T. M.; de Haseth, P. J. Mol. Biol. 1976, 107, 145-158. (141) Pare´s, X.; Nogue´s, M. V.; de Llorens, R.; Cuchillo, C. M. Essays Biochem. 1991, 26, 89-103. (142) Nogue´s, M. V.; Vilanova, M.; Cuchillo, C. M. Biochim. Biophys. Acta 1995, 1253, 16-24. (143) Katoh, H.; Yoshinaga, M.; Yanagita, T.; Ohgi, K.; Irie, M.; Beintema, J. J.; Meinsma, D. Biochim. Biophys. Acta 1986, 873, 367-371. (144) Rushizky, G. W.; Knight, C. A.; Sober, H. A. J. Biol. Chem. 1961, 236, 2732-2737.

(145) Irie, M.; Watanabe, H.; Ohgi, K.; Tobe, M.; Matsumura, G.; Arata, Y.; Hirose, T.; Inayama, S. J. Biochem. 1984, 95, 751- 759. (146) delCardayre´, S. B.; Raines, R. T. Biochemistry 1994, 33, 6031- 6037. (147) delCardayre´, S. B.; Thompson, J. E.; Raines, R. T. In Techniques in Protein Chemistry V; Crabb, J. W., Ed.; Academic Press: San Diego, CA, 1994; pp 313-320. (148) delCardayre´, S. B.; Raines, R. T. J. Mol. Biol. 1995, 252, 328- 336. (149) Tarragona-Fiol, A.; Eggelte, H. J.; Harbron, S.; Sanchez, E.; Taylorson, C. J.; Ward, J. M.; Rabin, B. R. Protein Eng. 1993, 6, 901-906. (150) Pare´s, X.; Arus, C.; de Llorens, R.; Cuchillo, C. M. Biochem. J. 1978, 175, 21-27. (151) Pare´s, X.; de Llorens, R.; Aru´ s, C.; Cuchillo, C. M. Eur. J. Biochem. 1980, 105, 571-579. (152) Boque´, L.; Gracia Coll, M.; Vilanova, M.; Cuchillo, C. M.; Fita, I. J. Biol. Chem. 1994, 269, 19707-19712. (153) Trautwein, K.; Holliger, P.; Stackhouse, J.; Benner, S. A. FEBS Lett. 1991, 281, 275-277. (154) Thompson, J. E.; Raines, R. T. J. Am. Chem. Soc. 1994, 116, 5467-5468. (155) Messmore, J. M.; Fuchs, D. N.; Raines, R. T. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 8057-8060. (156) Thompson, J. E.; Kutateladze, T. G.; Schuster, M. C.; Venegas, F. D.; Messmore, J. M.; Raines, R. T. Bioorg. Chem. 1995, 23, 471-481. (157) Messmore, J. M.; Raines, R. T. University of WisconsinsMadison, unpublished results. (158) Boix, E.; Nogue´s, M. V.; Schein, C. H.; Benner, S. A.; Cuchillo, C. M. J. Biol. Chem. 1994, 269, 2529-2534. (159) Fisher, B. M.; Ha, J.-H.; Raines, R. T. Submitted for publication. (160) Sawada, F.; Irie, M. J. Biochem. (Toyko) 1969, 66, 415-418. (161) Li, J. R.; Walz, G. F. Arch. Biochem. Biophys. 1974, 161, 227- 233. (162) de Llorens, R.; Aru´ s, C.; Pare´s, X.; Cuchillo, C. M. Protein Eng. 1989, 2, 417-429. (163) Sorrentino, S.; Libonati, M. Arch. Biochem. Biophys. 1994, 312, 340-348. (164) Wlodawer, A.; Miller, M.; Sjo¨lin, L. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1983, 80, 3628-3631. (165) Hodges, R. S.; Merrifield, R. B. J. Biol. Chem. 1975, 250, 1231- 1241. (166) Bruenger, A.; Brooks, C., III; Karplus, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1985, 82, 8458-8462. (167) Ladner, J. E.; Wladkowski, B. D.; Svensson, L. A.; Sj¨olin, L.; Gilliland, G. L. Acta Crystallogr., Sect. D 1997, 53, 290-301. (168) Curran, T. P.; Shapiro, R.; Riordan, J. F. Biochemistry 1993, 32, 2307-2313. (169) delCardayre´, S. B.; Raines, R. T. Anal. Biochem. 1995, 225, 176- 178. (170) Simpson, C. G.; Brown, J. W. S. In Methods in Molecular Biology; Jones, H., Ed.; Humana Press: Totowa, NJ, 1995; Vol. 49, pp 239-247. (171) Wlodawer, A.; Sj¨olin, L. Biochemistry 1983, 22, 2720-2728. (172) Berg, H. C. Random Walks in Biology; Princeton University Press: Princeton, NJ, 1983. (173) Berg, O. G.; Winter, R. B.; von Hippel, P. H. Biochemistry 1981, 20, 6929-6948. (174) von Hippel, P. H.; Berg, O. G. J. Biol. Chem. 1989, 264, 675- 678. (175) von Hippel, P. H.; Fairfield, F. R.; Dolejsi, M. K. Ann. N. Y. Acad. Sci. 1994, 118-131. (176) Lu, T.; Gray, H. B., Jr. Biochim. Biophys. Acta 1995, 1251, 125- 138. (177) Winter, R. B.; Berg, O. G.; von Hippel, P. H. Biochemistry 1981, 20, 6961-6977. (178) Kelemen, B. R.; Raines, R. T. In Techniques in Protein Chemistry VIII; Crabb, J. W., Ed.; Academic Press: New York, 1997; pp 565-572. (179) Kornberg, A.; Baker, T. DNA Replication; 2nd ed.; Freeman: New York, 1992. (180) Kunitz, M. J. Biol. Chem. 1946, 164, 563-568. (181) Crook, E. M.; Mathias, A. P.; Rabin, B. R. Biochem. J. 1960, 74, 234-238. (182) Cuchillo, C. M.; Pare´s, X.; Guasch, A.; Barman, T.; Travers, F.; Nogue´s, M. V. FEBS Lett. 1993, 333, 207-210. (183) Thompson, J. E.; Venegas, F. D.; Raines, R. T. Biochemistry 1994, 33, 7408-7414. (184) Greiner-Stoeffele, T.; Grunow, M.; Hahn, U. Anal. Biochem. 1996, 240, 24-28. (185) Blank, A.; Sugiyama, R. H.; Dekker: C. A. Anal. Biochem. 1982, 120, 267-275. (186) Kim, J.-S.; Raines, R. T. Protein Sci. 1993, 2, 348-356. (187) Bravo, J.; Ferna´ndez, E.; Ribo´, M.; de Llorens, R.; Cuchillo, C. M. Anal. Biochem. 1994, 219, 82-86.

Document info
Document views81
Page views81
Page last viewedSat Dec 10 21:08:57 UTC 2016
Pages22
Paragraphs1374
Words20315

Comments