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Le Bulletin des BioTechnologies – Mai 2005 – n°228

Les Préet Probiotiques et Autres

66. Il estévident que la viabilité des bactériesprobiotiques devrait avoir un impacttechnique, clinique et donc économique. Des chercheurs finlandais ont suivi lespopulations de trois souches probiotiquesde Bifidobacterium(Bifidobacterium longum 2C et Bifidobacteriumlactis Bb-12) dans du lait d'avoinefermenté commercialisé. En fait, les bactéries peuvent devenir dormantes durantleur stockage, ce qui complique la mesure et elles devraient être retirées desdécomptes de bactéries mortes pour être ajoutées aux bactéries encoreutilisables. SJ Lahtinen et al.; Applied & EnvironmentalMicrobiology 71 (MAR05) 1662-1663.

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67. Lactobacillus casei DN-114 001 adaptesa physiologie durant le transitintestinal comme le montrent deschercheurs de l'INRA et de Danone R Oozeer et al.; Applied &Environmental Microbiology 71 (MAR05) 1356-1363.

Ils ont examiné l'expression de gènes marqueurssous la commande différents promoteurs, dont certains sont activés et d'autrespas. Les promoteurs lacTp* (unpromoteur lac dérégulé) et celui dugène de la L-(+)-lactate déshydrogénase (ldhp) sont , en particulier, activés. Le promoteur ldhp est un promoteur fort actif en permanence, alors que sonactivité chute fortement en phase stationnaire chez Lactobacillus helveticu.

Cette bactérieest normalement ingérée par l'homme dans le lait de fermentation quand ellesentrent en phase stationnaire.

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68. Lactobacillusacidophilus est une bactérie probiotique commercialiséedepuis 1972. Elle était connue depuis 1900 dans des excréments infantiles. Onvient d'en publier la séquence génomique complète de Lactobacillus acidophilus NCFM. Elle comporte 1 993 564 pb et la bactérieest dépourvue de plasmides. Les fonctions de 73% des 1 864 ORFs potentielles ontété déterminées. Si 9 intégrases phagiques ont pu être identifiées aucunprophage complet n'a pu, en outre, être identifié. Mais trois régionsparticulières appelées PAUs (Potential Autonomous Units) ont descaractéristiques mixtes de phages et de plasmides. Elles présentent, en outre, deuxsystèmes de restriction/modification et un gène de protéine killer de prophage. E Altermann et al.; Proceedings ofthe National Academy of Sciences USA 102 (15MAR05) 3906-3912. Le génome révèle en outre plusieurs gènes de résistance àl'acidité, qui est une des caractéristiques importante de la bactérie et luipermet de franchir la barrière stomacale. Comme les deux espèces du mêmecomplexe, Lactobacillus gasseri et L.johnsonii,Lactobacillus acidophilus NCFM est incapable de synthétiser la plupart des vitamines etdes acides aminés, mais compense cedéfaut en codant un grand nombre de transporteurs.

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La sécurité alimentaire

69. Campylobacter jejuni et Campylobactercoli sont omniprésentsdans l'environnement. La majorité (90%)des infections humaines est due à C jejuni. Ces deuxbactéries sont fréquemment observées dans la volaille et les carcassesde poulet sont très fréquemmentcontaminées souvent secondairement lors de l'abattage. Campylobacter jejuni est le colonisateur initial, mais C.coliprend le relais à partir de 5 semaines.

Des poulets "biologiques" ne sont pastraités par des antimicrobiens et ont accès à l'environnement contaminé. Ilssont abattus aux alentours de 56 jours. Des poulets élevés en liberté sontabattus entre 36 et 42 jours et s'ils ont accès à l'environnement; ils sont élevésà de plus fortes densités d'animaux. Dans ce dernier cas les Campylobacter ne sont pas détectés avant le 10° jourd'élevage, probablement du fait de la protection par les anticorps maternels.Au dela, dès qu'un individu est infecté, toute la cohortel'est rapidement.

Mais les Campylobacter sont également plus facilement infectés par leursbactériophages, surtout dans les élevages extensifs. Un article de A. El-Shibinyet al.; Applied & Environmental Microbiology 71 (MAR05) 1259-1266 étudient les contaminations dans des élevagesbritanniques.

D'après eux, les bactériophages sonteffectivement plus fréquents chez les poulets "biologiques" que ceux simplementélevés en liberté, mais, chez ces derniers, on détecte fréquemment desbactériocines et peu de bactériophages.

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70. Des chercheurs finlandais ontcaractérisé par AFLP (AmplifiedFragment Length Polymorphism) les souches de Clostridium botulinum de types A, B, E et F(les plus fréquemment associées avec la toxicité humaine) avec 4 enzymes derestriction et 30 combinaisons d'amorces d'amplification. On sait déjàcaractériser ces souches par PFGE(Pulsed-Field Gel Electrophoresis), mais les souches s'y prêtent plus ou moinsà cause des DNases produites parcertaines souches, l'utilisation des RAPD (Randomly Amplified Polymorphic DNA) pose des problèmes de reproductibilité et le ribotypage présente une résolution plus faible et ne distingue que difficilement les souches.L'AFLP ne nécessite, en particulier, aucune connaissance préalable sur le génome de la bactérie à analyser. R Keto-Timonenet al.; Applied & Environmental Microbiology 71 (MAR05) 1148-1154. Les résultats indiquent une très grandediversité au sein de ces souches.

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71. Alors que Bacillus cereus constitue la causeprédominante d'intoxicationsalimentaires et fait intervenir plusieursentérotoxines dont la plus connue, l'hémolysine Hbl, comporte trois protéines dont deux  sont lytiques (L1 et L2) et latroisième est une protéine de liaison (B) thermolabiles produites directement dans le tube digestif, et unetoxine émétique (céréulide, un dodécadepsipeptide) thermostable et produite dans les aliments (voir le Bulletinde Février §86), on a progressivementdécouvert des entérotoxines et des toxines émétiques chez d'autres Bacillus. Ce sont

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